ในการประชุมสามัญประจำปี ๒๕๓๗ ครั้งที่ ๑/๒๕๓๗ คณะกรรมการมูลนิธิวัดญาณสังวราราม เมื่อวันที่ ๒๗ มีนาคม ๒๕๓๗ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก องค์ประธานมูลนิธิวัดญาณสังวราราม ทรงปรารถจะประทานความเกื้อกูลเยาวชนของชาติผู้ขาดแคลนให้ได้รับการศึกษา ทรงโปรดให้มูลนิธิวัดญาณสังวราราม ดำเนินการจัดตั้งโรงเรียนมัธยมขึ้นในปีการศึกษา ๒๕๓๗ ด้วยความสามัคคีร่วมใจของสานุศิษย์ ในวโรกาสที่สมเด็พระสังฆราชฯ มีพระชันษา ๘๐ ปี โดยสมเด็จพระสังฆราชฯ ทรงรับเป็นองค์อุปถัมภ์และทรงโปรดประทานให้ใช้ชื่อโรงเรียนผู้รู้ ญสส. ๘๐ ซึ่งคำว่า ผู้รู้ หมายถึงให้นักเรียนเป็นผู้รู้จักตน รู้ผิด รู้ชอบ รู้จักละอายต่อการกระทำผิด คำว่า ญสส. เป็นพระนามย่อ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก คำว่า ๘๐ หมายถึง พระชันษา ๘๐ ปี ในปีที่ก่อตั้ง ๒๕๓๗ โรงเรียน อยู่ภายใต้การบริหารงานของมูลนิธิวัดญาณสังวราราม
โรงเรียนได้รับอนุญาตให้จัดตั้งเมื่อวันที่ ๑๖ พฤษภาคม ๒๕๓๗ เป็นโรงเรียนเอกชนสามัญศึกษา เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น รับนักเรียนประจำได้ไม่เกิน ๑๓๕ คน ใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐานของกระทรวงศึกษาธิการ โดยอาศัยศาลาวัดญาณสังวรารามฯ เป็นสถานที่เรียนของนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และได้รับความอนุเคราะห์จากวิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีชลบุรี สนับสนุนด้านการจัดการเรียนการสอนทั้งสถานที่เรียนและอาจารย์ที่สอนเป็นเวลา ๑ ปีการศึกษาเมื่ออาคารเรียนสร้างเสร็จได้ย้ายสถานที่ตั้งมาอยู่ที่ ๖๙ หมู่ ๖ ตำบลนาจอมเทียน อำเภอสัตหีบ จังหวัดชลบุรี ในปีการศึกษา ๒๕๓๘ โดยศาสตราจารย์แพทย์หญิง หม่อมราชวงศ์ส่งศรี เกตุสิงห์ ถวายที่ดิน ๒๐ ไร่ เพื่อสำหรับสร้างโรงเรียนและต่อมาธนาคารกสิกรไทย มอบเงินทอดกฐินเพื่อซื้อที่ดินเพิ่มปัจจุบันโรงเรียนมีพื้นที่ประมาณ ๕๔ ไร่
สมเด็จพระสังฆราชฯ ประทานนโยบายว่า ควรเป็นโรงเรียนที่จัดสอนเพื่อสร้างคนดี และเพื่อให้เหมาะสมกับสภาพของชุมชนที่มีโครงการพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๙ ที่ส่งเสริมช่วยเหลือด้านการเกษตร ควรให้เพิ่มการเรียนการสอนด้านเกษตรกรรม และเนื่องจากเป็นโรงเรียนวัดจึงต้องเพิ่มเรื่องของ การส่งเสริมพระพุทธศาสนาโดยเน้นอบรมด้านคุณธรรม จริยธรรม ให้นักเรียนเป็นผู้มีคุณธรรมนำความรู้
ในการขออนุญาตจัดตั้งโรงเรียนมี รองศาสตราจารย์ทันตแพทย์หญิง พวงเพ็ชร เดชะประทุมวัน เป็นผู้รับใบอนุญาต เพื่อดำเนินการแทนสมเด็จพระสังฆราชฯ และดำรงตำแหน่งครูใหญ่ เพื่อวางแผนการดำเนินงานของโรงเรียน ในปีการศึกษา ๒๕๔๖ นางปัญจนา ฉิมอินทร์ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และในปีการศึกษา ๒๕๔๗ ได้มีการเปลี่ยนผู้รับใบอนุญาตเป็นผู้ช่วยศาตราจารย์มาลี ช่วงสุวนิช
ปีการศึกษา ๒๕๕๒ ได้ขออนุญาตเปลี่ยนประเภทโรงเรียนเป็นโรงเรียนเอกชนการกุศล เพื่อขอรับเงินอุดหนุนรายบุคคลในอัตราที่สูงขึ้น โดยมูลนิธิวัดญาณสังวรารามได้จดทะเบียนเพิ่มวัตถุประสงค์ในตราสาร ข้อ ๔.๔ ว่า เพื่อจัดการศึกษาเพื่อการกุศลให้แก่เด็กด้อยโอกาส
เนื่องจากโรงเรียนตั้งขึ้นเพื่อต้องการสร้างเด็กดี มีความสำนึกในความเป็นไทย มีความรักและเทิดทูนชาติ พระพุทธศาสนา และพระมหากษัตริย์ ซึ่งเป็นหลักสำคัญในการทำให้คงความเป็นไทยอยู่ได้ การสร้าง เด็กดีนั้น สมเด็จพระสังฆราช ไม่ทรงเจาะจงว่าจะต้องเป็นเด็กในจังหวัดชลบุรีเท่านั้น ทรงมีพระประสงค์ให้รับเด็กทั้งภาคตะวันออกและเขตติดต่อได้มีโอกาสเท่ากัน จึงเป็นที่มาของการรับนักเรียนจากจังหวัดต่าง ๆ ในภาคตะวันออกและเขตติดต่อ และจำเป็นต้องเป็นโรงเรียนประจำ การสร้างเด็กดีตามจุดประสงค์ที่ต้องการนั้นเห็นพ้องต้องกันว่า ควรรับเด็กที่มีพื้นฐานจากครอบครัวที่ดี มีศีลธรรม แต่ยากจน เนื่องจากเป็นโรงเรียนประจำ เด็ก ๆ ควรเป็นเด็กที่มีสุขภาพกายและสุขภาพจิตที่ดี ไม่มีความพิการทางกายจนขัดต่อกิจกรรมประจำของโรงเรียน มีความตั้งใจอยากเรียนจริง ๆ ไม่จำเป็นต้องเก่งเป็นเลิศ ด้วยความหวังที่ว่าเด็กที่ผ่านจากการอบรมของโรงเรียนแล้ว จะเป็นตัวอย่างที่ดีของชุมชนที่เขาอาศัยอยู่ ดังนั้น เด็กที่ขอรับทุนจึงต้องเป็นเด็กที่มีภูมิลำเนาในภาคตะวันออกและเขตติดต่อ ที่ผู้ปกครองมีที่อยู่เป็นหลักแหล่ง เพื่อที่เด็กจะกลับมาอยู่กับครอบครัวได้ระหว่างปิดภาคเรียน หลังจากการเรียน ๓ ปี นักเรียนกลับไปภูมิลำเนาจะได้เป็นที่ชื่นชมของครอบครัวและช่วยเหลือชุมชนได้ต่อไป
