สร้างขึ้นเพื่อเทิดพระเกียรติบูรพมหากษัตริย์แห่งพระบรมราชจักรีวงศ์ทุกพระองค์ โดยองค์พระบรมธาตุมีฐานกว้าง ๓๙ เมตร สูง ๓๙ เมตร ภายในมี ๓ ชั้น ชั้นล่าง จัดแสดงนิทรรศการชั่วคราว ชั้นที่ ๒ มีแท่นประดิษฐานรอยพระพุทธบาทจำลอง ชั้นที่ ๓ เรียกว่า ‘ห้องทอง’ เป็นที่ประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุและพระธาตุของพระสาวก

     พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๙ มีพระมหากรุณาธิคุณพระราชทานนามให้ว่า ‘พระบรมธาตุเจดีย์มหาจักรีพิพัฒน์’ ซึ่งมีความหมายว่า ‘พระเจดีย์ที่บรรจุพระบรมธาตุเพื่อความพิพัฒนาสถาพรแห่งพระมหาจักรีบรมราชวงศ์’

     พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๙ พร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ เสด็จพระราชดำเนินไปทรงวางศิลาฤกษ์พระบรมธาตุเจดีย์มหาจักรีพิพัฒน์ เมื่อวันที่ ๓๐ เมษายน พุทธศักราช ๒๕๒๕ ซึ่งเป็นปีครบรอบ ๒๐๐ ปี ของพระบรมราชจักรีวงศ์และกรุงรัตนโกสินทร์ อีกทั้งได้เสด็จพระราชดำเนินเพื่อทรงอัญเชิญตราพระมหาจักรี ๓ องค์ขึ้นประดิษฐานบนพระบรมธาตุเจดีย์มหาจักรีพิพัฒน์ เมื่อวันที่ ๓๐ กรกฎาคม พุทธศักราช ๒๕๒๘ และเสด็จฯ ไปทรงพระสุหร่าย ทรงเจิมฉัตรทองและทรงยกฉัตรขึ้นประดิษฐานบนยอดพระบรมธาตุเจดีย์มหาจักรีพิพัฒน์ เมื่อวันที่ ๒๘ มิถุนายน พุทธศักราช ๒๕๓๑